İnsan, bilgidir. Bu nedenle bilgi, insanlığın ortak hâfızasıdır. Bilginin bir türü olan ‘bilimsel bilgi’ ise farklı gerçeklik kürelerindeki olgu ve olayların yöntemli istidlâlî/rasyonel bilgisidir ve bir bütün olarak insanlığın ortak mirasıdır. Özellikle maddî-fiziksel Evren’i idrâk etmek amacıyla örgütlenen bu bilgi dizgesinin farklı medeniyet ve kültür havzalarındaki oluşum ve gelişim süreci, Bilim Tarihi çalışmalarının ana konusunu teşkil eder. Bilim tarihçisi, bu süreçleri tarihte gerçekleşmiş müstakil birer vakıa olarak değil, tarihî bağlamlarında ele alır. Dolayısıyla bilimin, içinde yeşerdiği siyâsî, dinî, felsefî, sosyal, kültürel ve ekonomik değer ve parametrelerle ilişkisini ve bilimsel bilginin bireysel, toplumsal ve örgütsel irtibatlarını göz önünde bulundurur. Enstitü, eğitim, öğretim ve araştırma hayatına, bilim tarihi çalışmalarının özüne dair bu farkındalıkla yola çıkmıştır ve çalışmalarını 21. yüzyılın bilim tarihi araştırma yöntemleri çerçevesinde sürdürmeyi amaçlar. Bu bağlamda, Enstitü bünyesinde proje odaklı araştırma faaliyetleri yürütülürken bu faaliyetlere paralel yüksek lisans ve doktora eğitimleri verilir. Enstitünün öncelikli amaçları, lisansüstü öğrencilerinden başlayarak akademi dünyasına ve daha genelde topluma bilimlerin tarihini, tarihteki konumlarını gözeterek sunmak, geleceğin tasavvurunun, geçmişin içerilerek aşılan bir etkinlik olduğunu hatırlatmak ve Türkiye’deki bilim ve teknoloji mirasının ortaya çıkarılmasına, tanınmasına ve korunmasına katkıda bulunmaktır.